ГП "Фармакопейный центр" был создан приказом МЗ Украины от 19.03.1992 г. № 50 как независимая структура на базе ГНЦЛС для экспертизы и утверждения аналитической нормативной документации (АНД) на лекарственные средства (фармацевтической части регистрационного досье), и выработки общих требований к качеству лекарственных средств (ЛС).

На момент получения независимости системы АНД в Украине не существовало, поэтому на первичном этапе вся АНД проходила экспертизу и утверждение в ГП "Фармакопейный центр" при согласовании регламента в ГНЦЛС. Это позволило на первичном этапе контролировать качество ЛС и заложить основы для создания регистрационных досье.

Поскольку в независимой Украине исходно отсутствовала система государственного контроля качества ЛС, то при ГП "Фармакопейный центр" в 1992 г. была создана первая в Украине аккредитованная лаборатория – Лаборатория фармакопейного анализа, которая взяла на себя функцию предрегистрационного контроля и предварительного контроля (первый промышленный выпуск). По мере создания соответствующих лабораторий Госинспекции эти функции были переданы ей.

ГП "Фармакопейный центр" совместно с Фармакологическим центром и Госинспекцией были разработан пакет документов, позволяющий ввозить в Украину импортные субстанции (в СССР эта процедура занимала 10-15 лет) и использовать для производства ЛС. Совместно с Фармакологическим центром и ГНЦЛС была разработана также процедура разработки и производства генерических препаратов в Украине, которая занимала 6-12 мес. и гарантировала качество ЛС. Это позволило за короткий срок наладить в Украине производство генериков и фактически создало новую отечественную фармацевтическую промышленность.

Начиная с 1998 г., ГП "Фармакопейный центр" постепенно передает функции экспертизы регистрационных досье Фармакологическому центру и работает над созданием Государственной Фармакопеи Украины (ГФУ). С привлечением ведущих специалистов Украины ГП "Фармакопейный центр" разработал и издает 5 томов ГФУ (2001, 2004, 2008, 2009, 2011). ГФУ как основа всей системы контроля качества ЛС является первой национальной фармакопеей независимой Украины и первой фармакопеей СНГ.

Создание ГФУ потребовало параллельной разработки Национальной системы фармацевтических стандартных образцов ЛС (ФСО), поскольку без нее функционирование ГФУ невозможно. Такая двухуровневая система (фармакопейные стандартные образцы и рабочие стандартные образцы предприятий) была создана в Украине Фармакопейным центром и является пока единственной в СНГ. Начиная с 1998 г., ФСО обеспечивают значительную часть потребностей фармацевтической отрасли. На 01.01.2017 банк фармакопейных стандартных образцов (ФСО) при Фармакопейном центре составляет около 700 наименований и включает в себя ФСО синтетического и природного происхождения для идентификации, количественного определения и контроля примесей. Создание ГФУ и Национальной системы стандартных образцов ЛС потребовало проведения больших систематических научных исследований и превратило Фармакопейный центр в ведущее научное учреждение в Украине в области стандартизации и контроля качества ЛС. За 25 лет Фармакопейный центр развил большинство научных направлений в этой области: теоретическая база аттестации стандартных образцов ЛС, валидация аналитических методик контроля качества ЛС, квалификация аналитического оборудования для фармакопейного анализа ЛС, исследование и стандартизация качества растительного сырья и т.д., а также огромное количество конкретных методик контроля качества ЛС. В частности, здесь разработана стандартизованная процедура валидации методик контроля качества ЛС, которая введена в ГФУ и оформлена в качестве Руководства в Российской Федерации.

При непосредственном участии ГП "Фармакопейный центр" была разработана теоретическая база Программ профессионального тестирования лабораторий контроля качества ЛС (ППТ). С 2001 года проведено 12 раундов ППТ. Фармакопейный центр аккредитован в этой отрасли Госстандартом Украины. Участие в ППТ является обязательным для аттестации лабораторий по контролю качества ЛС, позволяет совершенствовать их работу, а также является обратной связью с ГФУ.

Система управления качеством при предоставлении услуг по аттестации фармакопейных стандартных образцов Государственной Фармакопеи Украины (ГФУ), разработке и внедрению Программы профессионального тестирования лабораторий фармацевтической отрасли и проведения научно-исследовательских работ, связанных со стандартизацией и качеством лекарственных средств сертифицирована  на соответствие требованиям ДСТУ ISO 9001:2009.