Державне підприємство «Український науковий фармакопейний центр якості лікарських засобів» (ДП «Фармакопейний центр») був створений наказом МОЗ України від 19.03.1992 р. № 50 як незалежна структура на базі ДП «Державний науковий центр лікарських засобів» (ДНЦЛЗ) для експертизи і затвердження аналітичної нормативної документації (АНД) на лікарські засоби (фармацевтичної частини реєстраційного досьє), і вироблення загальних вимог до якості лікарських засобів (ЛЗ).
Первинна назва – Фармакопейний комітет, з 20.08. 1993 р. – Державне підприємство «Науково-експертний фармакопейний центр», з 12.11.2008 р. – Державне підприємство «Український науковий фармакопейний центр якості лікарських засобів».
На момент отримання незалежності системи АНД в Україні не існувало, тому на первинному етапі вся АНД проходила експертизу та затвердження в ДП "Фармакопейний центр" при узгодженні регламенту в ДНЦЛЗ. Це дозволило на первинному етапі контролювати якість ЛЗ і закласти основи для створення реєстраційних досьє.
Оскільки в незалежній Україні початково була відсутня система державного контролю якості ЛЗ, то в 1992 р. при ДП «Фармакопейний центр» була створена перша в Україні акредитована лабораторія – Лабораторія фармакопейного аналізу, яка взяла на себе функцію передреєстраційного контролю та попереднього контролю (перший промисловий випуск). Після створення відповідних лабораторій при Держлікінспекції ці функції були передані до неї.
ДП «Фармакопейний центр» спільно з Державним фармакологічним центром (ДФЦ) і Держлікінспекцією було розроблено пакет документів, що дозволяє ввозити в Україну імпортні субстанції (в СРСР ця процедура займала 10-15 років) і використовувати для виробництва ЛЗ. Спільно з ДФЦ і ДНЦЛЗ була розроблена процедура розробки і виробництва генеричних препаратів в Україні, яка займала 6-12 міс. і гарантувала якість ЛЗ. Це дозволило у короткий термін налагодити в Україні виробництво генеричних препаратів і фактично створило нову вітчизняну фармацевтичну промисловість. На початковому етапі створення національної фармацевтичної промисловості (90-і роки) значна частина специфікацій на генерики, а також переважна більшість хроматографічних методик і методик контролю мікробіологічної чистоти, були розроблені співробітниками ДП «Фармакопейний центр».
Починаючи з 1998 р., ДП «Фармакопейний центр» поступово передає функції експертизи реєстраційних досьє до ДФЦ – нині Державне підприємство «Державний експертний центр Міністерства охорони здоров’я України» і зосереджується на створенні та забезпеченні функціонування національної системи забезпечення якості ЛЗ.